顯微病理PACS系統由服務器、登記工作站、取材工作站、之片工作站、診斷報告工作站、主任工作站、瀏覽工作站、檔案管理工作站等組成。
1.服務器
服務器是顯微病理PACS系統的核心單元，對全系統進行控制，存儲各顯微鏡輸出影像設備的圖像文件、登記臺輸入的登記信息、醫生診斷信息。根據需要為網絡中的用戶設置各種權限，分配系統設置、病例登記、書寫報告、修改報告、審核及取消審核等權限。
2、登記工作站
可按病例庫進行分庫登記，如組織學（常規）、細胞學、液基細胞、外院送檢、腎穿刺、分子病理、移植等，用戶也可以自定義病例庫。
信息錄入界面提供常規和用戶自定義兩種方式。
本地申請單錄入，錄入過程采用提示選取、拼音代碼、數字代碼等快速輸入方式。
連接HIS，接收臨床發送的電子申請單。
通過條碼掃描或直接錄入病人相關編號從HIS中提取信息。
產生病理號及病理號條碼。
病理號按當前病例庫的編號規則自動升位，也可手工調整。
登記時出現病理號重號系統會自動提示。
標本簽收。
記錄不合格標本及不合格原因。
系統自動檢索當前病人的歷次檢查記錄。
可打印門診病人回執單、原始申請單底單等。
3、取材工作站
通過色標自動提示已登記未取材的病例記錄或是有補取醫囑的病例記錄。
可通過條碼槍掃描標本容器（袋）上的病理號條碼自動提取相應記錄。
取材明細表記錄任務來源、取材序號、取材部位、材塊數、取材時間、取材醫生和記錄人員等信息。
系統自動計算蠟塊數和材塊數。
提供“標本處理”記錄，包括“常規保留”、“長久保留”、“教學標本”、“科研標本”、“全埋”、“脫鈣”、“已用完”、“銷毀”等內容，也可輸入剩余標本的存放位置。
向診斷工作站提供病例的取材明細、狀態及取材醫生的信息。
采集大體標本圖像，進行大體組織描述。
大體圖像的標注、測量。
提供切片工作表打印功能。
提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
4、制片工作站
自動接收取材室發送過來的所有待包埋的材塊信息，供技術員在包埋時進行核對和確認。
自動接收所有待切片的包埋記錄。
自動接收診斷室下達的重切、深切、組化、特殊染色、分子病理、電鏡檢查等的醫囑記錄。
系統按照切片要求自動生成切片條碼標簽，用戶可以進行手工編輯。
批量打印切片條碼標簽。
切片完成后，通過條碼掃描進行切片確認。
提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
診斷、報告工作站
自動提示打開病例的狀態信息以及歷次檢查的情況。
采集顯微圖像、輸入光鏡所見。
書寫診斷報告、打印或向臨床發送確診報告。
提供醫生診斷模式，上級醫生可對病理診斷進行復查、書寫修改意見并單獨保存供原報告醫生查看。
向取材和制片站點分別發送補取、重切、深切、特檢等醫囑申請,可查看內部醫囑的執行情況。
可發出科內會診申請，系統在“會診病例”列表自動進行提示，其他醫生進入系統后可快速打開這些會診病例并書寫自己的會診意見。
提供組化報告，可對組化切片進行評級。
可對疑難或特殊病例進行追蹤管理，系統在“隨訪病例”列表自動進行提示。
可對感興趣的病例進行收藏管理，在列表 “我的收藏記錄”中可檢索這些記錄。
提供批量打印、批量審核、批量發送等批處理功能。
系統對審核后的記錄自動進行鎖定，需修改時，需要輸入審核醫生和每天自動變換的系統隨機口令才能進行修改。
對記錄的修改與刪除操作，系統通過日志表功能自動記憶修改前的內容，確保數據準確。
系統根據登錄用戶身份可檢索“我的報告”、“我的未審核報告”、“我的未打印報告”、“我的收藏記錄” 等信息。
提供報告的標準常用詞、模板與范本詞庫。
提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
提供相同報告復寫功能。
提供病歷導入、導出、轉存與遠程發送功能。
5、主任工作站
科室管理、報告審核、會診讀片、查詢統計
6、瀏覽工作站
會診、讀片、查詢、瀏覽病理報告及圖像信息。
7、檔案管理工作站
蠟塊、切片、資料歸檔及借還片管理